conda 更新后，使用 matplotlib 时 python 内核崩溃

问题描述：

我已经使用以下命令创建了这个简单的环境conda：

conda create -n test python=3.8.5 pandas scipy numpy matplotlib seaborn jupyterlab

以下代码会导致jupyter lab内核崩溃：

import matplotlib.pyplot as plt

plt.subplot()

我没有遇到问题Linux。问题是当我尝试时Windows 10。

控制台（我启动服务器的地方）上没有错误jupyter lab，我不知道在哪里调查。

解决方案 1：

更新 2021-11-06

• 根据main / packages / freetype ，默认pkgs/main频道conda已恢复为用于freetype 2.10.4Windows 。

• 如果仍然遇到问题，请使用conda list freetype检查版本：freetype != 2.11.0

  • 如果是2.11.0，则根据解决方案更改版本，或者conda update --all（假设您的默认频道在配置文件中没有更改.condarc）。

解决方案

• 如果在安装Anaconda、更新conda或自 2021 年 10 月 27 日起出现这种情况freetype。

• 转到提示并在任何受影响的环境中
  Anaconda降级。freetype 2.11.0

  • conda install freetype=2.10.4

• 与任何使用的包matplotlib和任何 IDE
  相关

  • 例如pandas.DataFrame.plot，seaborn

  • Jupyter、Spyder、VSCode、PyCharm、命令行。

发现

• 使用 10 月 29 日星期五发布的最新更新后出现问题conda。

• 使用 更新后，任何 IDE（不仅仅是 ）中conda update --all与 相关的任何内容都会出现问题。
  matplotlib`Jupyter`

  • 我在、和命令提示符中对此进行JupyterLab了PyCharm测试python。

  • PyCharm：Process finished with exit code -1073741819

  • JupyterLab：内核刚刚重新启动，没有相关错误或回溯

  • 命令提示符：将会短暂出现一个空白的交互式 matplotlib 窗口，然后出现一个新的命令行。

• 问题似乎出conda update --all在 中，因此任何使用（例如和）(base)的绘图 API 都会在任何环境下终止内核。matplotlib`seaborn`pandas.DataFrame.plot

• 我必须重新安装 Anaconda，但不进行更新(base)，然后我的其他环境就可以正常工作了。

• 我还没弄清楚具体是什么原因导致了这个问题。

• python 3.8.12我用以下方法测试了这个问题python 3.9.7

• 当前测试：

  • 以下是conda修订日志。

  • 在conda update --all此环境之前可以正常工作，但在更新之后，使用matplotlibpython 内核进行绘图会导致崩溃

  2021-10-31 10:47:22  (rev 3)
     bokeh  {2.3.3 (defaults/win-64) -> 2.4.1 (defaults/win-64)}
     click  {8.0.1 (defaults/noarch) -> 8.0.3 (defaults/noarch)}
     filelock  {3.0.12 (defaults/noarch) -> 3.3.1 (defaults/noarch)}
     freetype  {2.10.4 (defaults/win-64) -> 2.11.0 (defaults/win-64)}
     imagecodecs  {2021.6.8 (defaults/win-64) -> 2021.8.26 (defaults/win-64)}
     joblib  {1.0.1 (defaults/noarch) -> 1.1.0 (defaults/noarch)}
     lerc  {2.2.1 (defaults/win-64) -> 3.0 (defaults/win-64)}
     more-itertools  {8.8.0 (defaults/noarch) -> 8.10.0 (defaults/noarch)}
     pyopenssl  {20.0.1 (defaults/noarch) -> 21.0.0 (defaults/noarch)}
     scikit-learn  {0.24.2 (defaults/win-64) -> 1.0.1 (defaults/win-64)}
     statsmodels  {0.12.2 (defaults/win-64) -> 0.13.0 (defaults/win-64)}
     sympy  {1.8 (defaults/win-64) -> 1.9 (defaults/win-64)}
     tqdm  {4.62.2 (defaults/noarch) -> 4.62.3 (defaults/noarch)}
     xlwings  {0.24.7 (defaults/win-64) -> 0.24.9 (defaults/win-64)}

• 问题似乎是freetype

  • 从降级到2.11.0解决2.10.4了该问题并使环境正常运行matplotlib

• 去发布错误报告并发现有[Bug]: Matplotlib 导致 Python 崩溃 #21511

解决方案 2：

2023 年 3 月 2 日更新：

这是我的内核死后捕获的输出：

OMP：错误 #15：初始化 libiomp5md.dll，但发现 libiomp5md.dll 已初始化。

OMP：提示：这意味着 OpenMP 运行时的多个副本已链接到程序中。这很危险，因为它会降低性能或导致不正确的结果。最好的做法是确保只有一个 OpenMP 运行时链接到进程中，例如避免在任何库中静态链接 OpenMP 运行时。作为一种不安全、不受支持、未记录的解决方法，您可以设置环境变量 KMP_DUPLICATE_LIB_OK=TRUE 以允许程序继续执行，但这可能会导致崩溃或默默产生不正确的结果。有关更多信息，请参阅
http://www.intel.com/software/products/support/。

我遇到了类似的问题，我通过从 Anaconda 环境文件夹路径此目录中删除 libiomp5md.dll 重复文件来修复它：

C:\Users\你的用户名.conda\envs\你的环境名称\Library\bin\libiomp5md.dll

实际上降级freetype对我来说不起作用。您可以将“libiomp5md.dll”添加回原始文件，它可以修复内核暂时死亡但导致 OMP 错误。

解决方案 3：

对于任何降级到freetype=2.10.4无效的人来说。就我而言，问题发生在scikit-learn=1.11从conda-forge频道安装新版本之后。尝试了许多选项后，以下选项对我有用：

• 重新安装numpy从main/pkg到conda-forge频道

• 重新安装mkl包conda -c intel mkl

• matplotlib=4.3重新安装conda-forge

这是一个相当激烈的措施，因为你必须重新安装所有依赖于 NumPy 的依赖项（Pandas、TensorFlow 等），但这是唯一对我有用的方法。

解决方案 4：

我遇到了同样的问题，经过大量调查和故障排除后，修复方法非常简单：

conda update -c anaconda numpy

conda upgrade -c conda-forge matplotlib

之后它运行良好并且我的视觉效果绘制没有问题。